【目的】 探讨新加香薷饮合柴葛解肌汤加减治疗登革热的分子机理。【方法】 收集广州市花都区人民医院2018年1月至12月登革热患者6例（治疗前设为登革热组，治疗后设为中药治疗组），另收集正常人6例作为正常对照组。应用转录组测序（RNA-seq）技术检测各组mRNA表达情况，比较登革热组与正常对照组获得差异基因，比较中药治疗组与登革热组获得差异基因，再获得两者的交集基因，进行表达模式分析、功能富集分析以及蛋白与蛋白相互作用网络分析以获取起关键作用的基因。【结果】 筛选到登革热组与正常对照组比较的差异基因 2 704 个，中药治疗组与登革热组比较的差异基因 882 个，筛选出中药逆转的潜在靶基因279个。基因本体论（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析发现，这些基因大多参与了炎症、自身免疫应答相关功能，如干扰素应答反应、维甲酸诱导基因（I RIG-I）样受体信号通路和T细胞活化的调节。另外，通过蛋白与蛋白网络分析确定了这些基因间的相互作用关系并筛选到 45 个可能起关键作用的基因，如IRF7、CCL2、IL15等。【结论】 新加香薷饮合柴葛解肌汤加减治疗登革热的机制可能与其调节炎症、自身免疫应答相关的基因和信号通路有关。

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广东省中医药局中医药科研项目（编号：20191257）